En los últimos años, el Instituto del Patrimonio Cultural de España ha realizado en este templo intervenciones de muy diversa índole pero sin duda, la más ambiciosa de todas ellas, tanto por su complejidad técnica como por la importancia en la estabilidad arquitectónica del edificio, es la que afecta a la sustitución de los pilares 4C y 5C de la zona del trascoro que comenzó en 2002 tras tres años de estudios preliminares y puesta a punto del sistema a utilizar.
Con una altura de 16,60 metros, cada pilar estaba constituido por 800 sillares de calcoarenita procedentes de las canteras de El Puerto de Santa María (Cádiz), constituyendo el encofrado de una masa interna de enripiado similar a la de sus cimientos.
Las grietas y fisuras en la estructura de ambos pilares se debían fundamentalmente a la mala calidad de la piedra empleada para su construcción.
Después de labores de refuerzo de la cimentación, en torno a cada pilar se levantó una compleja estructura de apeo formada por ocho tubos de acero que abrazaban los pilares mediante grandes ruedas de madera que se ajustaban de forma milimétrica al perímetro de los mismos, lo que permitió la sustitución progresiva de 600 sillares, aproximadamente la mitad de los que componen cada pilar.
Terminados los trabajos de sustitución de sillares, la estructura fue aflojándose progresivamente hasta comprobar el buen funcionamiento de los pilares.